Hola Simon,
Gracias por responder y ofrecer tu ayuda.
Teníamos el sitio alojado completamente en un subdominio, luego lo cambiamos al dominio principal, pero esta página de activación de cuenta sigue estando en el subdominio. Todo lo demás está en el dominio principal (el correcto).
Modifiqué manualmente el correo electrónico para que no haga referencia a {baseurl} con nuestro dominio, ya que no pude averiguar cómo cambiar la variable baseurl, lo cual parece ser el mismo problema que aquí.
¿Tiene sentido lo que explico?