Мое скромное мнение, и я не хочу умалять полезность комментариев здесь о резервных копиях, но если отойти на шаг назад: я действительно не уверен, что «синхронизация» установок Discourse стоит больших усилий.
Если вы не планируете делать pull-реквесты в ядро Discourse, то разработка плагинов или компонентов тем (TC) — это то, что нужно, и это дает наиболее надежное и эффективное решение для кастомизации.
Главное в разработке плагинов и компонентов тем (TC) — они будут развертываться на нескольких экземплярах Discourse, над которыми вы, возможно, в любом случае не имеете контроля.
Так что наличие слегка уникального локального экземпляра Discourse для разработки — это вполне нормально (в разумных пределах).
Основной рабочий процесс должен включать обновление плагина или TC в общем репозитории, скорее всего, на Github.