Настройки сохраняются, и вы работаете в одиночку, так зачем же уделять внимание резервному копированию и синхронизации?
(Кроме того, название темы тогда сбивает с толку: зачем «в команде»?)
При клонировании или переключении на другую версию вы не очищаете базу данных (где хранятся настройки).
Вы сами решаете, когда запускать миграции (если они вообще есть). В противном случае база данных должна оставаться стабильной.