Как вручную перенести все файлы из S3 обратно на сервер EC2?

Поддержка
2

Указывают ли изображения на новом сайте на бакет S3? Если да, то они должны работать.

Может, посмотрите Migrating uploads from S3 to local - #2 by Stephen, хотя, думаю, там должен быть раздел howto.