¡Hola @th21!
Soy nuevo aquí, pero creo que si no eliminas tu directorio /shared, todos tus datos estarán seguros. Lo que hará ./discourse-setup son los plugins, la configuración SMTP y luego ejecutará la reconstrucción. Esperaría una confirmación adicional, ya que soy un usuario nuevo, pero estoy casi seguro de ello.
Siempre puedes hacer una copia de seguridad y restaurarla más tarde. Consulta este artículo para obtener más información al respecto.