Pode ser possível colocar o Cloudflare na frente de ambos os sites, com uma regra para rotear o tráfego para o Discourse na subpasta. Não tenho conhecimento de alguém fazendo isso. Provavelmente, você precisará contratar alguém ou resolver por conta própria. Basta seguir o tópico aqui sobre instalações em subpasta e qualquer coisa que o Cloudflare tenha sobre o mesmo.
Eu pensava que a crença de que uma subpasta era melhor para SEO já tivesse desaparecido. Minha recomendação seria usar apenas um subdomínio, mas se você tiver orçamento, entre em contato comigo ou poste em Marketplace.