В частности, я рекомендую выполнить на вашем сервере под root команду:
du -kx / | sort -n | tail -49
или аналогичную. Вам нужен подход, который показывает реальную картину без предположений.
Пока вы в командной строке, я бы также предложил выполнить:
df -mT
free
А также:
docker system df
docker images
Меня беспокоит то, что вы говорите о резервных копиях. Существует два вида резервных копий: обычные, включающие вложения, и облегчённые, исключающие их. Их размеры должны различаться. У вас, скорее всего, настроена автоматическая периодическая резервное копирование. Возможно, автоматические резервные копии создаются, когда есть свободное место, и именно они его заполняют.
Рекомендую внимательно изучить файлы перед их удалением: посмотрите дату, временную метку и размер. Это поможет понять, как они появились.
Стоит также отметить, что удаление открытого файла приводит к тому, что он перестаёт отображаться в списке, но фактически удаляется только после закрытия. Поэтому вполне возможно, что после перезагрузки сервера вы увидите другую картину.