Hola 
He revisado el sitio y parece que no hay CSS personalizado ni ninguna otra personalización que afecte a las miniaturas.
Esto debería ser una mala configuración de los ajustes del sitio, como:
Pero tú dijiste:
Por cierto, ¿cuál es el valor predeterminado en tu ajuste de min ratio to crop?
¿Quizás una mala configuración de la CDN? Si utilizas un redimensionador de imágenes basado en la nube para optimizar imágenes (miniaturas). Esto no es muy probable, pero también podría ser una posible razón.
Otra posible razón es un plugin que pueda hacer cosas con las miniaturas. Como sugirió Simon, también puedes intentar subir nuevas imágenes en modo seguro para comprobar si esto podría ser causado por un plugin. (pero, como vi, no usas ningún plugin de este tipo). Si me equivoco y usas algún plugin de este tipo, a veces desactivar el plugin en el administrador no es suficiente, en este caso tienes que comentarlo (eliminarlo) de app.yml y volver a intentarlo…
Pero ten en cuenta: estas miniaturas se cocinan en estos tamaños y se recortan en las publicaciones. Por lo tanto, si cambias algo, no afectará a las miniaturas existentes hasta que vuelvas a hornear las publicaciones o las redimensiones manualmente para que el sistema las reconozca como un archivo nuevo y genere una nueva miniatura para ellas. Con las nuevas subidas, estos cambios deberían mostrar el resultado modificado después de recargar la página.