Конфигурация через ./discourse-setup предназначена для того, чтобы помочь новичкам легко запустить Discourse.
Для более продвинутого использования вы настраиваете контейнер, редактируя YAML-файлы конфигурации в директории containers.
./discourse-setup создаёт для вас containers/app.yml, который можно использовать как базовую конфигурацию для других настроек.
Если вы хотите автоматизировать дальнейшие настройки, эта тема может быть полезна: Initial configuration directly from `app.yml` (discourse-docker / INSTALL-cloud.md)