Fatto 
Se qualcun altro ha bisogno della query per trovare i tag duplicati, è questa:
SELECT name, COUNT(*)
FROM tags
GROUP BY name
HAVING COUNT(*) > 1
Non spaventarmi ora, Neil! 
Ho dato un’occhiata veloce alla tabella delle categorie e sembra a posto (ci sono alcune voci duplicate in base al nome, ma si tratta di sottocategorie).
Grazie per l’aiuto, @sam e @neil 
(Il reindicizzazione non ha avuto alcun effetto su questo problema, comunque, Neil)