Creo que tu instinto es absolutamente correcto, y esa será la realidad final. Hay muchos casos de uso: votaciones, AMAs, «estilo lácteo diario», por nombrar algunos. Cada uno de estos probablemente necesitará sus propios valores para estos ajustes, además de nuevos ajustes que aún no existen.
Sería técnicamente fácil implementar ajustes por categoría para esto. Me gustaría asegurarme de que sea fácil para el administrador configurar esto de una manera que no sea abrumadora.
Antes de eso, el agujero evidente es que no hay actualmente ninguna manera de retroalimentar temas en una categoría específica para que todos estén anidados (en la interfaz de usuario, por supuesto, se puede hacer con acceso directo al servidor). Cuando habilitas el anidamiento para una categoría, solo afecta a los nuevos temas, no a los existentes.