Хм, не уверен, насколько будет работоспособна массовая переключательная функция для категорий с десятками тысяч тем. Возможно, стоит рассмотреть вариант с использованием фоновых задач Rails для массовой или пакетной конвертации? 
И обратима ли эта операция? Можно ли преобразованную в ветку тему обратно в плоскую?