Интересно, не могло бы решением стать создание изображения в прямоугольном формате, где используется логотип сайта и фоновый цвет заголовка, применяемый на сайте в настоящее время, вместо самого логотипа?
Это нужно будет реализовать на стороне сервера, но использование блока с изображением и указанным цветом фона позволит избежать инверсии цвета фона в Gmail.
Кстати, я проверил несколько крупных брендовых писем в приложении Gmail в тёмной теме, и большинство из них тоже не решили эту проблему.