Достаточно ли создания второго файла, похожего на app.yml, для мультисайта?

Поддержка Самостоятельное хостинг
4

В таком случае, да, второй экземпляр samples/standalone.yml вполне подойдёт, однако: убедитесь, что вы переименовали /var/discourse/shared/[standalone]/ и другие ресурсы, доступные хосту, на другое имя.