Можно ли стилизовать страницы «Latest» и «Top» по отдельности?

Да, решение @manuel — хороший подход для простого выполнения задач. Использование window.location.href может вызвать проблемы с получением правильного URL из-за runloop в Ember.

Чтобы адаптировать то, что вы делаете, к более «Ember-подобному» подходу, можно сделать следующее:

<script type="text/discourse-plugin" version="1.1.0">
  api.onPageChange(() => {
    const router = api.container.lookup('service:router');

    if (router.currentRoute.name === 'discovery.top') {
      document.querySelectorAll('#main-title')[0].style.display = 'none';
    } 
  });
</script>

Однако, вероятно, лучше просто добавить класс к элементу body и стилизовать его, что также позволит вам вносить более сложные изменения в стиль.

<script type="text/discourse-plugin" version="1.1.0">
  api.onPageChange(() => {
    const router = api.container.lookup('service:router');

    if (router.currentRoute.name === 'discovery.top') {
      document.body.classList.add('route-discovery-top');
    } else {
      document.body.classList.remove('route-discovery-top');
    }
  });
</script>
.route-discovery-top #main-title {
    display: none;
}