Finalmente, lo entendí. Era la primera vez que utilizaba subcategorías. Había movido temas de la categoría principal para colocarlos en la subcategoría, y pensaba que la categoría principal solo mostraba sus propios temas, no los de las subcategorías. De ahí los temas duplicados entre la subcategoría y la categoría principal.
Así que, en definitiva, no veo muy claro el propósito de las subcategorías, ya que se podría simplemente añadir una etiqueta (que represente una subcategoría) a los temas afectados y luego filtrar para encontrarlos. Pensaba que la categoría principal solo mostraba sus propios temas y no los de las subcategorías.