Скрипты на JavaScript, нацеленные на подвал, не работают после переходов между страницами

Discourse — это одностраничное приложение. Поэтому скрипты, которые вы добавляете в тег <head>, выполняются только один раз при первоначальной загрузке страницы, если не используются соответствующие хуки. Скорее всего, вам нужно доработать ваш код и добавить обработчик событий.

Можете ли вы поделиться вашим кодом?