Kernel oops / CPU stalls dû à XFS

Depuis que j’ai migré mon grand forum vers Discourse cette année, j’ai constaté des plantages peu fréquents où la VM cloud devenait inaccessible via SSH et présentait une trace d’appel sur la console virtuelle. Les plantages se produisent environ toutes les 3 à 6 semaines sans schéma spécifique. J’utilisais initialement Discourse sur Clear Linux car c’est ce que j’utilisais pour obtenir un peu plus de performance du système pendant la longue et intensive migration de l’ancien forum vers Discourse. Mais j’ai commencé à suspecter que Clear Linux était peut-être moins stable en raison de toutes ses optimisations de performance obscures, j’ai donc migré mon Discourse vers Debian 12 Bookworm au moment de sa sortie, il y a environ 6 semaines.

Malheureusement, aujourd’hui, le système Debian a eu son premier plantage. Voici la séquence des événements :

  1. Jul 22 05:00:22 kernel: BUG: kernel NULL pointer dereference, address: 0000000000000002
    • kernel: Oops: 0000 [#1] PREEMPT SMP NOPTI
    • kernel: CPU: 3 PID: 3235204 Comm: postmaster Not tainted 6.1.0-10-amd64 #1 Debian 6.1.37-1
    • kernel: Voluntary context switch within RCU read-side critical section!
    • kernel: CPU: 3 PID: 3235204 Comm: postmaster Tainted: G D 6.1.0-10-amd64 #1 Debian 6.1.37-1
  2. journalctl montre la dernière entrée de journal à 06:40:50. Mais le système d’exploitation et Discourse fonctionnaient toujours. La dernière entrée était juste un bavardage standard de l’agent de messagerie dockerisé que j’exécute sur la même VM.
  3. Vers 08:30, j’ai vérifié que Discourse était opérationnel et fonctionnait normalement.
  4. 08:46 dans le journal d’erreurs de Discourse : Unexpected error in Message Bus : ActiveRecord::ConnectionNotEstablished : connection to server on socket \"/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432\" failed: could not fork new process for connection: Cannot allocate memory
  5. 08:53 dans le journal d’erreurs de Discourse : Failed to process hijacked response correctly : ActiveRecord::ConnectionNotEstablished : connection to server on socket \"/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432\" failed: could not fork new process for connection: Cannot allocate memory
  6. 09:01 dans le journal d’erreurs de Discourse : Failed to handle exception in exception app middleware : ActiveRecord::StatementInvalid : PG::ObjectNotInPrerequisiteState: ERROR: lost connection to parallel worker
  7. Dernier message sur Discourse à 09:17.
  8. 09:22 dans le journal d’erreurs de Discourse : 'Track Visit' is still running after 90 seconds on db default, this process may need to be restarted!
  9. 09:22 dans le journal d’erreurs de Discourse : Redis::TimeoutError (Connection timed out)
  10. Il y a eu d’autres journaux Discourse similaires jusqu’au moment où j’ai remarqué que le site était en panne vers 11:20.

Lorsque je n’ai pas pu me connecter via SSH, j’ai pris ces captures d’écran depuis le visualiseur de console virtuelle et j’ai redémarré la VM en force :


J’administre des serveurs Linux depuis longtemps, et cette chaîne d’événements ne me semble pas logique. Les journaux de Discourse semblent être une indication assez évidente d’un événement de manque de mémoire (out-of-memory), et la console virtuelle confirme qu’un composant de mon serveur de messagerie dockerisé sur la même VM a été éliminé par le tueur OOM (OOM killer). Mais il n’y a aucune trace de cette action OOM dans journalctl, qui a apparemment cessé de fonctionner bien avant que les autres systèmes ne commencent à échouer. L’événement apparemment premier à 05:00:22 mentionne le processus postmaster (de PostgreSQL dans le conteneur de l’application Discourse) plusieurs fois, mais la base de données n’a pas complètement planté avant au moins 09:17, date à laquelle un message a été envoyé avec succès sur Discourse.

Actuellement, après avoir fonctionné toute la journée, le système affiche une utilisation normale de la mémoire, c’est généralement là qu’elle se situe :

#> free -m
               total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:            7751        4965         129        1832        4773        2785
Swap:           3875        2879         996

La seule chose légèrement inhabituelle dans ma configuration est que l’espace swap est en fait via Zram au lieu d’un fichier swap ou d’une partition swap. J’utilise Zram depuis des années et je n’ai jamais eu de problème. J’ai également installé la VM à partir de zéro avec l’ISO d’installation Debian afin d’avoir un système de fichiers racine XFS au lieu du EXT4 standard que les images Debian du fournisseur cloud utilisent. L’hôte est Hetzner, et après mon installation initiale de Discourse sur Clear Linux, j’ai créé une VM différente pour la migration vers Debian, donc je suis probablement sur un nœud d’hyperviseur différent et je ne pense pas qu’il s’agisse d’un problème matériel. Je me demande donc s’il s’agissait simplement d’un problème de manque de mémoire, ou si j’ai trouvé un cas limite dans la combinaison du noyau 6.1 + Zram + XFS + KVM/virtio ? J’apprécierais toute information que vous pourriez avoir.

1 « J'aime »

Il me semble que c’est le problème.

Postgres a besoin de plus de mémoire. Vous pouvez ajuster ces paramètres de mémoire et peut-être ajouter de la RAM, mais je pense que vous devrez modifier vos allocations de mémoire postgres.

Votre serveur Hetzner utilise-t-il de la RAM ECC ?

Ma première réaction ici est un problème matériel… puis une recherche rapide sur le web montre des publications à leur sujet utilisant du matériel de qualité de bureau.

1 « J'aime »

Hmm. I would tend to agree, except for the kernel errors that started first. The VM had been running since 06/Jul without a single kernel oops until this morning. Here’s the full output of that instant. Notice the page_fault_oops and handle_mm_fault and xfs_filemap_map_pages stuff:

Jul 22 05:00:22 myvm kernel: BUG: kernel NULL pointer dereference, address: 0000000000000002
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: #PF: supervisor read access in kernel mode
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: #PF: error_code(0x0000) - not-present page
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Oops: 0000 [#1] PREEMPT SMP NOPTI
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: CPU: 3 PID: 3235204 Comm: postmaster Not tainted 6.1.0-10-amd64 #1  Debian 6.1.37-1
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Hardware name: Hetzner vServer/Standard PC (Q35 + ICH9, 2009), BIOS 20171111 11/11/2017
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RIP: 0010:next_uptodate_page+0x45/0x1f0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Code: 0f 84 2f 01 00 00 48 81 ff 06 04 00 00 0f 84 a3 00 00 00 48 81 ff 02 04 00 00 0f 84 26 01 00 00 40 f6 c7 01 0f 85 8c 00 00 00 <48> 8b 07 a8 01 0f 85 81 00 00 00 8b 47 34 85 c0 74 7a 8d 50 01 4c
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RSP: 0000:ffffc1ae8274bcc0 EFLAGS: 00010246
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RAX: 0000000000000002 RBX: ffffc1ae8274bd18 RCX: 000000000000005e
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RDX: ffffc1ae8274bd18 RSI: ffffa0210863d2b0 RDI: 0000000000000002
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RBP: ffffa0210863d2b0 R08: 000000000000005e R09: 000055fb22bbdfff
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: R10: 000000000000004f R11: 0000000000000000 R12: 000000000000005e
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: R13: ffffa02194ad6980 R14: ffffa0210863d2b0 R15: ffffa02118538f60
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: FS:  00007f423625fa40(0000) GS:ffffa0226bf80000(0000) knlGS:0000000000000000
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: CS:  0010 DS: 0000 ES: 0000 CR0: 0000000080050033
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: CR2: 0000000000000002 CR3: 000000010d87e000 CR4: 0000000000350ee0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Call Trace:
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  <TASK>
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? __die_body.cold+0x1a/0x1f
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? page_fault_oops+0xd2/0x2b0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? finish_task_switch.isra.0+0x9b/0x300
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? exc_page_fault+0x70/0x170
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? asm_exc_page_fault+0x22/0x30
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? next_uptodate_page+0x45/0x1f0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  filemap_map_pages+0xb0/0x6e0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  xfs_filemap_map_pages+0x41/0x60 [xfs]
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  do_fault+0x1a7/0x410
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  __handle_mm_fault+0x660/0xfa0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  handle_mm_fault+0xdb/0x2d0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  do_user_addr_fault+0x19c/0x570
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  exc_page_fault+0x70/0x170
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  asm_exc_page_fault+0x22/0x30
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RIP: 0033:0x7f42398b32a6
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Code: c7 5d 41 5c e9 3b 3d 00 00 5a 31 c0 5d 41 5c c3 0f 1f 40 00 89 f1 89 f8 48 83 e1 3f 48 83 e0 3f 83 f9 30 77 3f 83 f8 30 77 3a <66> 0f 12 0f 66 0f 12 16 66 0f 16 4f 08 66 0f 16 56 08 66 0f ef c0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RSP: 002b:00007ffc8a9aae68 EFLAGS: 00010287
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RAX: 0000000000000001 RBX: 000055fb22b39750 RCX: 0000000000000010
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RDX: 0000000000000000 RSI: 00007f41b1534550 RDI: 000055fb22b59d01
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RBP: 0000000000000009 R08: 0000000000000000 R09: 000055fb22b39750
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: R10: 00007f41b1534550 R11: 000000000000002c R12: 00007f42398c3180
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: R13: 0000000000000000 R14: 0000000000000009 R15: 00007f42398c3180
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  </TASK>
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Modules linked in: ipt_REJECT nf_reject_ipv4 xt_multiport xt_nat xt_tcpudp veth xt_conntrack nft_chain_nat xt_MASQUERADE nf_nat nf_conntrack_netlink nf_conntrack nf_defrag_ipv6 nf_defrag_ipv4 xfrm_user xfrm_algo xt_addrtype nft_compat nf_tables nfnetlink br_netfilter bridge stp llc lz4 lz4_compress zram zsmalloc overlay binfmt_misc intel_rapl_msr intel_rapl_common ghash_clmulni_intel sha512_ssse3 sha512_generic iTCO_wdt intel_pmc_bxt iTCO_vendor_support virtio_rng aesni_intel crypto_simd watchdog cryptd pcspkr rng_core virtio_gpu virtio_console virtio_balloon virtio_dma_buf drm_shmem_helper drm_kms_helper button evdev joydev serio_raw sg fuse dm_mod drm loop efi_pstore configfs qemu_fw_cfg ip_tables x_tables autofs4 xfs libcrc32c crc32c_generic hid_generic usbhid hid sr_mod cdrom sd_mod t10_pi ahci crc64_rocksoft crc64 crc_t10dif libahci crct10dif_generic virtio_net net_failover virtio_scsi failover libata xhci_pci scsi_mod psmouse xhci_hcd crct10dif_pclmul crct10dif_common
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  crc32_pclmul crc32c_intel i2c_i801 i2c_smbus lpc_ich scsi_common usbcore virtio_pci virtio_pci_legacy_dev virtio_pci_modern_dev virtio usb_common virtio_ring
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: CR2: 0000000000000002
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: ---[ end trace 0000000000000000 ]---
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RIP: 0010:next_uptodate_page+0x45/0x1f0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Code: 0f 84 2f 01 00 00 48 81 ff 06 04 00 00 0f 84 a3 00 00 00 48 81 ff 02 04 00 00 0f 84 26 01 00 00 40 f6 c7 01 0f 85 8c 00 00 00 <48> 8b 07 a8 01 0f 85 81 00 00 00 8b 47 34 85 c0 74 7a 8d 50 01 4c
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RSP: 0000:ffffc1ae8274bcc0 EFLAGS: 00010246
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RAX: 0000000000000002 RBX: ffffc1ae8274bd18 RCX: 000000000000005e
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RDX: ffffc1ae8274bd18 RSI: ffffa0210863d2b0 RDI: 0000000000000002
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RBP: ffffa0210863d2b0 R08: 000000000000005e R09: 000055fb22bbdfff
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: R10: 000000000000004f R11: 0000000000000000 R12: 000000000000005e
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: R13: ffffa02194ad6980 R14: ffffa0210863d2b0 R15: ffffa02118538f60
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: FS:  00007f423625fa40(0000) GS:ffffa0226bf80000(0000) knlGS:0000000000000000
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: CS:  0010 DS: 0000 ES: 0000 CR0: 0000000080050033
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: CR2: 0000000000000002 CR3: 000000010d87e000 CR4: 0000000000350ee0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: ------------[ cut here ]------------
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Voluntary context switch within RCU read-side critical section!
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: WARNING: CPU: 3 PID: 3235204 at kernel/rcu/tree_plugin.h:318 rcu_note_context_switch+0x4ee/0x690
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Modules linked in: ipt_REJECT nf_reject_ipv4 xt_multiport xt_nat xt_tcpudp veth xt_conntrack nft_chain_nat xt_MASQUERADE nf_nat nf_conntrack_netlink nf_conntrack nf_defrag_ipv6 nf_defrag_ipv4 xfrm_user xfrm_algo xt_addrtype nft_compat nf_tables nfnetlink br_netfilter bridge stp llc lz4 lz4_compress zram zsmalloc overlay binfmt_misc intel_rapl_msr intel_rapl_common ghash_clmulni_intel sha512_ssse3 sha512_generic iTCO_wdt intel_pmc_bxt iTCO_vendor_support virtio_rng aesni_intel crypto_simd watchdog cryptd pcspkr rng_core virtio_gpu virtio_console virtio_balloon virtio_dma_buf drm_shmem_helper drm_kms_helper button evdev joydev serio_raw sg fuse dm_mod drm loop efi_pstore configfs qemu_fw_cfg ip_tables x_tables autofs4 xfs libcrc32c crc32c_generic hid_generic usbhid hid sr_mod cdrom sd_mod t10_pi ahci crc64_rocksoft crc64 crc_t10dif libahci crct10dif_generic virtio_net net_failover virtio_scsi failover libata xhci_pci scsi_mod psmouse xhci_hcd crct10dif_pclmul crct10dif_common
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  crc32_pclmul crc32c_intel i2c_i801 i2c_smbus lpc_ich scsi_common usbcore virtio_pci virtio_pci_legacy_dev virtio_pci_modern_dev virtio usb_common virtio_ring
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: CPU: 3 PID: 3235204 Comm: postmaster Tainted: G      D            6.1.0-10-amd64 #1  Debian 6.1.37-1
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Hardware name: Hetzner vServer/Standard PC (Q35 + ICH9, 2009), BIOS 20171111 11/11/2017
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RIP: 0010:rcu_note_context_switch+0x4ee/0x690
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Code: 49 89 3f 49 83 bc 24 98 00 00 00 00 0f 85 66 fe ff ff e9 58 fe ff ff 48 c7 c7 68 53 70 94 c6 05 d7 0e ad 01 01 e8 d2 8e f6 ff <0f> 0b e9 70 fb ff ff a9 ff ff ff 7f 0f 84 2c fc ff ff 65 48 8b 3c
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RSP: 0018:ffffc1ae8274bc60 EFLAGS: 00010086
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RAX: 0000000000000000 RBX: ffffa0226bfb1c00 RCX: 0000000000000000
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RDX: 0000000000000003 RSI: ffffffff9474105e RDI: 00000000ffffffff
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RBP: 0000000000000000 R08: 0000000000000000 R09: ffffc1ae8274bad0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: R10: 0000000000000003 R11: ffffffff94ed43a8 R12: 0000000000030e40
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: R13: ffffa02175d09980 R14: ffffc1ae8274bd50 R15: 0000000000000000
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: FS:  0000000000000000(0000) GS:ffffa0226bf80000(0000) knlGS:0000000000000000
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: CS:  0010 DS: 0000 ES: 0000 CR0: 0000000080050033
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: CR2: 00007f41ef6dd70e CR3: 00000000059f6000 CR4: 0000000000350ee0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Call Trace:
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  <TASK>
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? __warn+0x7d/0xc0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? rcu_note_context_switch+0x4ee/0x690
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? report_bug+0xe6/0x170
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? irq_work_queue+0xa/0x50
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? handle_bug+0x41/0x70
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? exc_invalid_op+0x13/0x60
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? asm_exc_invalid_op+0x16/0x20
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  ? rcu_note_context_switch+0x4ee/0x690
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  __schedule+0xac/0xa20
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  schedule+0x5d/0xe0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  rwsem_down_write_slowpath+0x34e/0x730
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  exit_mmap+0xf6/0x2f0
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  __mmput+0x3e/0x130
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  do_exit+0x2fc/0xb10
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  make_task_dead+0x8d/0x90
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  rewind_stack_and_make_dead+0x17/0x20
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RIP: 0033:0x7f42398b32a6
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: Code: Unable to access opcode bytes at 0x7f42398b327c.
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RSP: 002b:00007ffc8a9aae68 EFLAGS: 00010287
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RAX: 0000000000000001 RBX: 000055fb22b39750 RCX: 0000000000000010
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RDX: 0000000000000000 RSI: 00007f41b1534550 RDI: 000055fb22b59d01
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: RBP: 0000000000000009 R08: 0000000000000000 R09: 000055fb22b39750
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: R10: 00007f41b1534550 R11: 000000000000002c R12: 00007f42398c3180
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: R13: 0000000000000000 R14: 0000000000000009 R15: 00007f42398c3180
Jul 22 05:00:22 myvm kernel:  </TASK>
Jul 22 05:00:22 myvm kernel: ---[ end trace 0000000000000000 ]---

I kind of think the same thing, except that this is somewhat of a repeat issue, feels slightly not random enough. I suspect that Hetzner probably doesn’t use ECC RAM, that’s probably how they can offer so much for the price. Even their dedicated servers apparently don’t/didn’t have ECC. But even so Hetzner is generally regarded as quite reliable in terms of their infrastructure.

Mon intuition est la suivante :point_up_2:. Essayez de vous débarrasser de Zram et XFS (un par un) et voyez ce qui se passe. Zram est mon premier suspect. Discourse devrait fonctionner correctement avec un swap régulier et ext4. Ces optimisations sont peut-être amusantes, mais elles augmentent actuellement la complexité de votre installation. Une fois que votre instance fonctionne correctement, vous pouvez les réintroduire une par une et voir ce qui casse.

En règle générale, essayez de vous en tenir d’abord à une installation recommandée, puis ajoutez vos propres astuces.

2 « J'aime »

Merci pour votre réponse. Je pense que je vais essayer de désactiver Zram et d’ajouter un fichier swap de 2 Go. Le changement de système de fichiers nécessiterait de reconstruire complètement la VM avec une nouvelle installation de Debian, et XFS ne devrait vraiment causer aucun problème.

5 « J'aime »

J’aimerais que ce soit vrai, mais ne me lancez pas sur XFS. J’ai perdu au moins 200 heures de ma vie au cours de la dernière décennie à cause de XFS qui causait des problèmes de mémoire dans le noyau.

2 « J'aime »

Eh bien, il semble que @RGJ ait eu absolument raison à propos de XFS. Merci de m’avoir mis sur la bonne voie. (J’utilise principalement XFS comme premier choix depuis environ 2002, donc j’ai toujours tenu pour acquis qu’il était extrêmement fiable, ce qu’il est en tant que système de fichiers, mais apparemment il y a des bugs liés à la mémoire.) Le même problème s’est produit après avoir désactivé zRAM, puis Debian a publié une mise à jour pour le noyau 6.1 qui inclut un correctif pour les plantages avec XFS :

Depuis que j’ai installé le noyau 6.1.0-13, le serveur est opérationnel depuis 42 jours sans aucun problème.

3 « J'aime »

This topic was automatically closed 30 days after the last reply. New replies are no longer allowed.