Esse caminho está dentro do container, então se você estiver procurando no sistema operacional do host, está olhando no lugar errado.
Você pode verificar Configurando o Let’s Encrypt com Múltiplos Domínios e ver se essas instruções são diferentes. Você só precisaria adicionar o outro domínio da mesma forma.
Você também pode conferir https://www.forcewww.com/