Appearance → Logo は、多くの設定が設定ページにグループ化され、管理サイドバーから直接アクセスできるようになったときに、追加されたものだと思います。そのため、すべてのサイト設定に隠されているのではなく、管理者がそれを設定する方が簡単な場所として、ここがふさわしい場所だと考えます。しかし、結局のところ、見た目が少し違うだけで、編集するのは同じサイト設定です。ほとんどのサイト設定も、設定ページのうちの1つに含まれています。
以前に報告したように、各ロゴのサイズに関するヒントがサイト設定と設定ページで異なっており、これも混乱を招いています。