Tengo bastante experiencia en atención al cliente también, a través de Discourse (y otros foros), correo electrónico y similares. ¡Ciertamente estoy de acuerdo/comparto muchas de sus preocupaciones! Dicho esto, creo que estos son problemas generales más amplios, y aplicaciones como Slack aún no han resuelto los problemas con, por ejemplo, @everyone, excepto poniendo una advertencia cuando la gente intenta hacerlo (o prohibiendo a ciertos usuarios/grupos de usuarios usarlo a nivel de administrador - esto no es algo que los usuarios individuales puedan controlar), así que no estoy seguro de que podamos esperar que Discourse pueda hacer un mejor trabajo aquí.
Sin embargo, puede controlar sus preferencias de notificación (por ejemplo, si recibe notificaciones si alguien @everyone, etc.). Así que tal vez esa sea una opción a considerar, si aún no forma parte de los controles de notificación proporcionados por Discourse y con la integración de las nuevas funciones de chat en ellos.
De todos modos, mi punto principal es que está describiendo algunos problemas grandes y muy reales, pero son problemas que básicamente ninguna otra herramienta ha resuelto completamente para el gusto de todos. Esto es ciertamente en parte porque es un problema realmente difícil. Creo que es poco realista, si no un poco irrazonable, esperar que el equipo de Discourse aborde muchos de estos problemas como parte central del diseño del chat, me parece una especie de “deslizamiento de características”. Por supuesto, no hablo en absoluto por el equipo. 
Dicho esto, también espero que se les ocurran algunas formas geniales para que las personas administren sus menciones, notificaciones, etc. que sean fáciles de usar, congruentes con el diseño de Discourse, etc.