Tenho uma boa quantidade de experiência em suporte ao cliente também, via Discourse (e outros fóruns), e-mail e similares. Certamente concordo/compartilho muitas de suas preocupações! Dito isso, acho que estes são problemas gerais mais amplos, e aplicativos como o Slack ainda não resolveram os problemas com, por exemplo, @everyone, exceto por colocar um aviso quando as pessoas tentam fazer isso (ou proibir certos usuários/grupos de usuários de usá-lo em um nível de administrador - isso não é algo que usuários individuais possam controlar), então não tenho certeza se podemos esperar que o Discourse faça um trabalho melhor aqui.
No entanto, você pode controlar suas preferências de notificação (por exemplo, se você será notificado se alguém usar @everyone, etc.). Então, talvez essa seja uma opção a considerar, se já não faz parte dos controles de notificação fornecidos pelo Discourse e com a integração dos novos recursos de chat nisso.
De qualquer forma, meu ponto principal é que você está descrevendo alguns problemas grandes e muito reais, mas são problemas que basicamente nenhuma outra ferramenta resolveu totalmente para a satisfação de todos. Isso certamente se deve em parte ao fato de ser um problema realmente difícil. Acho irrealista, senão um pouco irracional, esperar que a equipe do Discourse aborde muitas dessas questões como parte central do design do chat, parece um pouco de “feature creep” para mim. Eu não falo pela equipe em nenhuma capacidade, é claro. 
Dito isso, também espero que eles criem algumas ótimas maneiras de as pessoas gerenciarem suas menções, notificações, etc., que sejam fáceis de usar, congruentes com o design do Discourse, etc.