Документация и ваш опыт показывают, что R2 не поддерживается, поэтому вам придётся решить проблему другим способом.
Мне казалось, что у меня это работало, но я не проверял это тщательно и не использовал за пределами тривиального тестового запуска.
Если резервная копия не сможет загрузить файлы из R2, вам придётся использовать другой инструмент для извлечения файлов из R2, затем загрузить их в ваше новое хранилище и вручную обновить базу данных (я думаю, можно искать темы с помощью задачи rake remap).
Это сложный процесс, поэтому вам нужно будет хорошо разбираться в R2, S3 и загрузках Discourse. Скорее всего, будет трудно описать ваши конкретные проблемы с достаточной детализацией, чтобы получить решение на форуме.