はい、CSSで非表示にしても、HTML上に存在するため子要素としてカウントされます。
CSSでほとんど対応できます(Firefoxはまだ:hasをサポートしていないため例外ですが)。この問題を完全に回避するために、プラグインに「トピックリストで投票数0を非表示にする」オプションを適切に追加するのがおそらく良いでしょう。しかし、今のところこれで機能します。
.vote-count-0 {
display: none; // 投票数0を非表示にする
}
.discourse-tags:has(.vote-count-0) {
.discourse-tag:nth-last-child(2):after {
display: none; // 最後から2番目のタグのカンマを非表示にする
}
}