/etc/sysctl.d が非推奨になったとは思えません。そこにリストされている他のファイルを確認し、どれが /etc/sysctl.d/10-huge-pages.conf を上書きしているか確認してもらえますか？おそらく、それらの 50-priority ファイルのいずれかでしょうか？
より良い解決策は、huge-pages の設定の優先順位を変更して勝たせることでしょう。しかし、私は現在どちらのバージョンも自分のシステムでは実行していません。
また、tuned が設定を上書きしていないかも確認してください。