Modificando los colores del núcleo como var(--secondary)

Aquí tienes un ejemplo:

Parece que estas variables no son configurables. Esto es lo que copié y pegué de mi configuración de colores:

"HT Colors": {
  "primary": "142546",
  "secondary": "FEF9F0",
  "tertiary": "4A7FE5",
  "quaternary": "FBC379",
  "header_background": "ffffff",
  "header_primary": "142546",
  "highlight": "ffff4d",
  "danger": "e45735",
  "success": "009900",
  "love": "fa6c8d",
  "hover": "ebf0f9",
  "selected": "dee6f6"
}

Parece que debe haber alguna otra forma de establecer las variables de color utilizadas por las insignias, etc.