Questa è più una giustificazione che un vero aiuto, ma ecco un paio di idee.
Innanzitutto, ora che sai quale indice è danneggiato, puoi reindicizzare solo quello e non ogni indice nel database. Potresti chiedere a https://ask.discourse.com/ un suggerimento su come farlo.
Anche Corrupt indexes in PG12, how do I fix? - #11 by sam contiene alcuni suggerimenti.
Dato che non ti interessa molto questo tracciamento dei link (e immagino che ne sia già stato creato uno nuovo), eliminare i duplicati va bene.
Dovrebbe esserci un modo per eseguire una query che trovi i duplicati in modo da poterli eliminare tutti in una volta.