Да. Чаще всего миграции не нарушают работу запущенного контейнера.
Вы также можете отключить миграции в файле web_only.yml, а после запуска нового контейнера выполнить команду
cd /var/www/discourse; SKIP_POST_DEPLOYMENT_MIGRATIONS=0 rake db:migrate
внутри запущенного контейнера.