Возможно, ошибка прав доступа или владения? Я предпочитаю использовать cp -a (от root), хотя даже это не гарантирует идеальное копирование — для этого лучше использовать tar или cpio.
Возможно, что-то не поддерживает символические ссылки; в таком случае лучше использовать монтирование или loopback-монтирование.
В идеале же где-то должен быть лог, который сообщит, что именно не запустилось или что именно не понравилось системе в найденном.