理解した限りでは、すべてを別々に保持するのが最善の方法です。
Discourseを実行するためのメインサーバー。次に、PostgreSQL用のサーバーと、アップロード用のS3（または他のオブジェクトストレージサービス）です。
app.ymlファイルは頻繁に変更されないように思われるため、一度保存すれば十分です。あるいは、月に数回程度です。
これにより、ファイルをより整理された方法でバックアップすることもできます。
もしそうなら、コアに複数の日次バックアップを実装しないという彼らの選択は理にかなっていると思います。一方で、複雑なニーズを持つ人々は、そのような特別な構成を行うでしょう。そして最終的には、インストールをやり直し（app.ymlをどこかに保存しておく）、データベースとS3に再接続してデータをアップロードするだけです。バックアップはこれら2つのサーバーに個別に保存されているため、私にとっては管理が容易です。これは非常に公平な解決策だと思います。
皆さん、説明ありがとうございました。