通知の数は、クリックして確認すれば、既読・未読に関わらず消えるべきだと思います。
現在の挙動によって生じる心理的なジレンマを、便宜上説明します。

もしチームがまだ納得されていないなら、Facebook、Google、LinkedIn といった大手の事例を考えてみてください。例えば、Gmail で +99 の通知が表示されていても、ページに一度に表示できる通知数が 10 件に限られていても、クリックすればカウンターはリセットされます。
通知の数は、クリックして確認すれば、既読・未読に関わらず消えるべきだと思います。
現在の挙動によって生じる心理的なジレンマを、便宜上説明します。

もしチームがまだ納得されていないなら、Facebook、Google、LinkedIn といった大手の事例を考えてみてください。例えば、Gmail で +99 の通知が表示されていても、ページに一度に表示できる通知数が 10 件に限られていても、クリックすればカウンターはリセットされます。
通常の通知ではこのようになりますが、プライベートメッセージは通常、確認が必要(例:モデレーションのフィードバック)であるため、このように固定されます。