PDF がワンボックス化された場合、その URL がワンボックスの内容を決定するために使用されます（Oneboxing of PDFs and other attachments を参照）。URL が内容の基礎として使用されているようです。
しかし、URL にとって特殊な文字は正しく変換されていないようです。
例えば、https://documentation.invantive.com/2017R2/exact-online/Exact%20Online%20API%20Data%20Model.pdf という URL は、中に「%20」が含まれるボックスにリンクします。
そこで提案ですが、エスケープされた文字を元の文字（この場合は「Exact Online API Data Model.pdf」）に戻すように書き換えることです。