К сведению: у меня была та же проблема, и дело в том, что я забыл перенаправить порт 80 на сервер.
Проверка DNS, выполняемая discourse-server.sh, могла быть проведена только на порту 443, поэтому проблема не была обнаружена.
Однако Let’s Encrypt также требует, чтобы порт 80 был открыт.