Можно ли скрыть сообщения в подписанной категории как «новые»?

Если я правильно понял проблему, можно добавить тег, который пользователь сможет затем отключить.

Плагин RSS-опроса предоставляет возможность добавлять теги для каждого источника. Если не все темы, созданные источником, должны получать один и тот же тег, можно также попробовать использовать автоматическое проставление тегов по отслеживаемым словам или добавлять теги вручную.