Consiglio un backup solo del database e l’uso di rsync per spostare tutto il resto. Sposta un sito Discourse su un altro VPS con rsync. Puoi anche usare rsync per trasferire i certificati SSL in modo da poter portare online il nuovo sito prima di modificare il DNS.
Ecco come lo faccio io: Changing Digital Ocean droplets with doctl (resize, floating ip, rename, etc) - Howto - Literate Computing Dashboard
MODIFICA: Mi dispiace. Non riesco a capire se hai risolto il tuo problema o no. Se ho capito bene, la cosa più semplice da fare è tornare al template predefinito, senza versione, e ricostruire di nuovo.