К сведению: для всех, кто ссылается на этот пост, файл /etc/runit/1.d/letsencrypt был немного изменен чуть более месяца назад, и регулярное выражение замены для www и без www больше не будет работать.
См. этот пост для обновленной информации: Set up Let’s Encrypt with multiple domains / redirects