Установлен ли один и тот же набор плагинов на обоих сайтах?
Исходя из этого:
Настройки, которые не копируются, так и не копируются?
Но похоже, что это проблема, которую вряд ли удастся легко решить без доступа администратора и командной строки к вашему серверу (серверам).