Посмотрите статью Настройка Let’s Encrypt с несколькими доменами / перенаправлениями и используйте аналогичный подход, как в этом примере, который добавляет конфигурацию в nginx.
Вы можете разместить это в хуке after_ssl (который нужно будет добавить), как в указанном примере.