Для ясности: это проблема, созданная самим пользователем. Он читает тему, затем нажимает или тапает по уведомлению, которое перемещает его вперёд по теме.
Мы всегда отслеживаем «наименьшую» или «нижнюю» позицию чтения в теме. Именно это делает маленькая кнопка «назад» на вертикальной временной шкале. Мы не отслеживаем «пропуски в чтении», в основном потому, что это превращается в кошмар для интерфейса 
Лучшее, что я могу придумать, — это диалоговое окно с вопросом: «Вы уверены, что хотите переместиться вперёд по этой теме и потерять место?», которое появляется при навигации к более нижнему/глубокому сообщению в теме. Хотя это может быть так же раздражающе, если не больше, чем потеря места… Не уверен.