Если это стандартная установка, использующая /var/discourse, а не сторонний пакет, который мы не можем поддерживать, то проблема либо в исходном снимке, либо в способе его восстановления. Я делаю это довольно регулярно и никогда не сталкивался с исчезновением папки.
В любом случае это вопрос к поддержке Digital Ocean, так как он касается вашего VPS и их системы создания снимков, а не Discourse.