Сколько? Десятки, сотни, тысячи постов?
Если их больше нескольких, скорее всего, стоит использовать скрипт импорта. Если их не так много, всё равно имеет смысл написать код для исправления Markdown, чем править вручную. (Ещё более безумное решение — поручить обработку dokuwiki-редакций плагином).