Попробуйте включить настройку сайта «поддержка смешанного направления текста». Подробную информацию о этой настройке можно найти здесь: Supporting mixed text directions.
При включении этой настройки в редакторе появится кнопка «Переключить направление»:
Я не тестировал это с плагином MathJax, но это должно значительно упростить написание длинных уравнений. Если вы попробуете эту настройку и столкнётесь с какими-либо проблемами, пожалуйста, сообщите нам.