Caniuse mostra que a API IntersectionObserver foi adicionada ao iOS 12.2 em março de 2019.
Se esses testes também foram realizados no iOS, isso também prova que deveria funcionar — todos os navegadores no iOS usam WebKit por trás.
@MarcP, você, por acaso, desativou a IntersectionObserver em Configurações > Safari > Avançado > Recursos Experimentais? Ela deve estar ativada por padrão. (veja as notas de versão do Safari Technology Preview 71)