Я могу воспроизвести эту проблему здесь, на Meta, а также на сайте, который находится на более старой версии коммита.
Я почти уверен, что это не наша ошибка. Я могу воспроизвести её в fiddle.
Если вы запустите код несколько раз, то заметите, что первый и второй блоки не имеют этой проблемы.
Первый блок представляет светлую тему — в нём проблемы нет. Второй блок я добавил с чёрным фоном для сравнения — в нём проблемы тоже нет.
Проблема наиболее заметна в третьем блоке, который использует те же цвета, что и стандартная тёмная тема. Мне кажется, что именно сочетание цветов каким-то образом сбивает браузер. Я попробовал все известные мне обходные пути с анимацией, но результат остался прежним.
Если не менять нашу анимацию или использовать другие цвета, я не знаю, что ещё можно сделать, кроме как ждать исправления от браузера, которое может не появиться в ближайшее время.