Esa ruta está dentro del contenedor, así que si la estás buscando en el sistema operativo del host, estás mirando en el lugar equivocado.
Podrías revisar Configurar Let’s Encrypt con múltiples dominios y ver si esas instrucciones son diferentes. Solo tendrías que agregar el otro dominio de la misma manera.
También puedes consultar https://www.forcewww.com/