Этот путь находится внутри контейнера, поэтому, если вы ищете его на хост-ОС, вы смотрите не в том месте.
Вы можете ознакомиться с настройкой Let’s Encrypt для нескольких доменов и проверить, отличаются ли там инструкции. Вам нужно просто добавить другой домен тем же способом.
Также вы можете посмотреть https://www.forcewww.com/