Вы просто хотите изменить значение настроек сайта? Просто выполните SiteSetting.whatever='new value'. Или вы хотите что-то изменить в них?
Разве вы просто не хотите добавить для этого отдельную настройку? Просто добавьте её в config/settings.yml, например:
Если это именно то, что вам нужно, то команда rake plugin:create[plugin-name] создаст для вас файл настроек с готовым примером.
Или, возможно, я неправильно понял ваш вопрос.