¿Tiene algún complemento en Thunderbird que pueda estar interfiriendo aquí? Una búsqueda rápida de thunderbird changing reply-to arrojó este resultado, por ejemplo:
https://addons.thunderbird.net/en-US/thunderbird/addon/stop-ignoring-reply-to/
Además, podría ayudar si puedes obtener el correo electrónico en bruto que él recibe y quizás pedirle que pruebe con otro cliente de correo o webmail, si está disponible, para realizar una prueba.