Ha installato qualche componente aggiuntivo in Thunderbird che potrebbe interferire in questo caso? Una ricerca superficiale per thunderbird changing reply-to ha restituito, ad esempio:
https://addons.thunderbird.net/en-US/thunderbird/addon/stop-ignoring-reply-to/
Inoltre, potrebbe essere utile se riuscissi a ottenere l’email grezza che riceve e, se disponibile, provare a far testare la situazione con un client di posta diverso o con la webmail.