El mecanismo extraHrefMatchers en pretty-text.js.es6 no parece permitir cadenas de consulta ni esquemas sin ://…
Mientras tanto, puedes pegar los enlaces en un bloque de código para que la gente los copie, por ejemplo:
magnet:?xt=urn:btih:e2467cbf021192c241367b892230dc1e05c0580e&dn=ubuntu-19.10-desktop-amd64.iso&tr=https%3A%2F%2Ftorrent.ubuntu.com%2Fannounce&tr=https%3A%2F%2Fipv6.torrent.ubuntu.com%2Fannounce
Quizás podamos volver a revisar esto cuando se elimine el soporte para IE.